מטרות האגודה הן לקדם התעניינות ולעודד מחקר בתחומים השונים של מדעי הצמח, כמו גם לעודד שיתופי פעולה בין חברי האגודה וחברי אגודות דומות ברחבי העולם. לקדם את הידע הבוטני במערכות החינוך ובקרב הקהל הרחב. לקדם את הקשר עם התעשייה הביוטכנולוגית.