החברה הישראלית לבוטניקה נוסדה ע"י חוקרים מהמחלקה לבוטניקה באוניברסיטה העברית בירושלים בשנות השלושים של המאה ה-20 במתכונת דומה לזאת של חברות מדעיות בארצות אירופה. העיתון המדעי של החברה היה Palestine journal of botany אשר לאחר קום המדינה שינה את שמו ל- Israel Journal of Botany. העיתון הוא נועד להיות הפרסום המדעי של החברה בו הופיעו מאמרים על המחקר הסיסטמתי, הפיזיולוגי והאקולוגי של צומח הארץ והמזרח הקרוב. פרט לפרסום העיתון, החברה ערכה כנסים משותפים אחת לשנתיים בהם הוצגו המחקרים ע"י החוקרים ותלמידיהם. כנסים אלה שימשו במה להחלפת דעות על המחקרים הבוטניים בארץ. מאוחר יותר העיתון Israel Journal of Botany עבר לידיים פרטיות.
בשנות התשעים של המאה ה-20 התאחדה החברה הישראלית לבוטניקה עם האגודה הישראלית לתרביות רקמה ל"אגודה הישראלית למדעי הצמח" ומאז התקיימו כנסים שנתיים משותפים אשר כללו גם את ההיבטים החדישים יותר של המחקר הבוטני שהתפתחו בעשרות השנים האחרונות.